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景杰生物/整理編者按: 當下蛋白質組學研究正如火如荼地發展,隨著技術的不斷成熟,蛋白質組學作為一種強大的高通量分析工具,已經被科研工作者廣泛應用并且在不同的領域發揮著重要作用。一般而言,以蛋白質組學數據驅動的文章研究思路主要如下圖所示: 圖1. 蛋白質組學研究思路概述當然,針對不同類型的實驗樣本設計以及對課題的深入程度,后續所進行的進一步研究工作會有所不同,所做的文章層次也有一定區分。通常來講,更新穎的選題(如熱門的新型修飾),更嚴謹的實驗設計,以及更全面的功能實驗是助力高水平文章發表的幾大關鍵因素。在這里,我們匯總了一部分常見的蛋白質組學及相關領域期刊的介紹、文章的研究思路以及文章舉例,供您參考,希望對您的投稿工作有所助益。1第一檔期刊(影響因子10分左右及以上)介紹:該分數段的期刊主要包括:Cell(IF:31.398, 一區),Nature ( IF:41.577,一區) ,Science ( IF:41.058,一區) 及部分子刊包括Cancer Cell ( IF:22.844, 一區) ,Cell Metabolism ( IF:20.565, 一區) ,Molecular Cell ( IF:14.2...
1、Western Blot的泛抗體實驗中,為什么總是出現只有一條帶的情況?答:(1) 首先要確定這條帶的大小;比如,組蛋白H3的信號會很強,經常出現在17kD左右,如果曝光時間短的話,很可能只存在信號強的條帶;       (2) 上樣量是否足夠;       (3) 抗體濃度是否正確使用;       (4) 熒光底物不靈敏,可調整熒光底物的孵育時間、曝光時間等。2、Western Blot實驗中是否條帶越多,蛋白修飾的豐度越高?答:(1) 客戶提到的修飾豐度指什么,是一種蛋白的修飾強弱,還是指修飾的廣譜性?       (2) 同一樣品,不同處理的對比,可以這么說;       (3) 不同樣品,不同來源,無可比性;       (4) 條帶的強度,可以體現該條帶大小的蛋白修飾豐度高。3、我們的泛抗體做Western Blot的比例多少,100微升可以做多少次?答:我們推薦稀釋比例都是1:1000,客戶可以根據實際情況自行調整。4、用乙酰化、琥珀酰化泛抗體做We...
1、景杰生物有哪些蛋白質修飾抗體?答:按制備原理分為:單克隆抗體、多克隆抗體;       按識別范圍分為:泛抗體、位點特異性抗體;       按修飾類型分為:常見類型修飾,Kac, Kme, phospho, K(gly-gly) 等;       新型酰化修飾類型,Ksucci, Kcro, Kbuty, Kprop, Kmal等。2、抗體產品的基本應用?答:ELISA、Dot Blot、Western Blot、IF、IP、ChIP。3、你們公司的泛抗體指的是什么抗體?答:我們公司的蛋白質修飾泛抗體是相對于組蛋白位點特異性抗體而言的。泛抗體可以識別某一類含有某種修飾性氨基酸殘基的蛋白質。公司擁有種類齊全的泛抗體類型,不僅有常見的乙酰化、磷酸化等泛抗體,還有獨特的琥珀酰化、巴豆酰化、丁酰化、丙酰化、丙二酰化等泛抗體。4、能否用泛抗體檢測單一蛋白/IP復合物的修飾信號?答:我們公司的蛋白質修飾泛抗體是指可以識別所有含該類修飾的蛋白質的抗體,與組蛋白位點特異性修飾抗體的區別在于不局限于某個蛋白的某個位點。如Lys三甲基化的修飾泛抗體可以識別所有含有Lys三甲基化的蛋白,而組蛋白H3K4Me3就只能特異性的識別組蛋白H3第4位Lys的三甲基化修飾。因此泛...
1、iTRAQ和Label-free所用的搜庫軟件及其版本、定量分析軟件是否一致?答:搜庫軟件是不一致的:iTRAQ數據采用Mascot(2.3.0);Label-free則是maxquant(1.4.1.2)。2、iTRAQ/TMT和Label-free技術都有哪些優缺點?答:(1)定量準確性:iTRAQ/TMT的定量準確性和重現性要明顯優于Label-free, Label-free的樣本之間不能直接混合,導致定量的結果受到的影響因素多,因此定量結果的準確度較低。(2)鑒定通量:Label-free通量相對較高,而iTRAQ/TMT由于標記基團的影響,鑒定通量較Label-free低。(3)修飾組學:Label-free定量,修飾肽段的富集(即IP)是各組分開進行的,很可能造成富集的不平行,最終造成定量不準確。因此,我們通過加入內標肽段來歸一化以減少富集步驟引入的誤差。而iTRAQ/TMT標記的修飾組,修飾肽段的富集是各組標記、混合后同時進行的,所以不會存在富集的不平行。因此,修飾組的定量,iTRAQ/TMT方法的定量準確性優于Label-free。(4)其它:目前泛素化修飾定量組學只能用Label-free來做。3、常用的蛋白質翻譯后修飾參考數據庫有哪些? 數據庫名稱 網址 修飾類型 數據內容 SysPTM ...
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